À la recherche de cacaoyers sauvages en forêt primaire péruvienne

Science en action 18 juin 2026
Une expédition a réuni scientifiques et cacaoculteurs au cœur de l’Amazonie péruvienne pour étudier des cacaoyers sauvages natifs de la région. Après douze jours de progression ardue en forêt amazonienne, l’équipe a identifié 165 cacaoyers sauvages et collecté feuilles, fruits et greffons pour les sauvegarder et étudier leur génétique. Un trésor de biodiversité pour la filière cacao, qui fait face à des crises sanitaires et climatiques, dans la région comme ailleurs.
Cabosses récoltées sur un cacaoyer sauvage dans la zone de protection forestière El Gran Ushashi © CIRAD, Xavier Argout
Cabosses récoltées sur un cacaoyer sauvage dans la zone de protection forestière El Gran Ushashi © CIRAD, Xavier Argout

Cabosses récoltées sur un cacaoyer sauvage dans la zone de protection forestière El Gran Ushashi © X. Argout, CIRAD

L’essentiel
  • Du 15 au 26 avril, le Cirad a organisé une mission d’exploration dans des zones de forêts naturelles protégées pour collecter des cacaoyers sauvages.
  • Cette mission, inédite au Pérou, s’inscrit dans le cadre du projet Nativo qui vise à répertorier, conserver et utiliser la diversité génétique des cacaoyers de la région du Huayabamba pour l’avenir de la filière.

Pendant 12 jours, 3 groupes mêlant scientifiques et cacaoculteurs ont arpenté des zones de forêt préservées de l’Amazonie, dans la vallée de Huayabamba, au Pérou. Cette expédition avait pour but de rechercher et d’échantillonner du matériel génétique en milieu naturel, donc encore inconnu. Les scientifiques parlent de bioprospection. Une étape incontournable pour étudier les populations de cacaoyers sauvages (Theobroma cacao) de cette région d’Amérique latine, qui est aussi le berceau originel de ces arbres à l’origine du chocolat.

L’expédition a couvert 11 concessions de forêt primaire protégée par les communautés locales (délimités en blanc sur la petite carte). En rose, les 165 cacaoyers sauvages géoréférencés

L’expédition a couvert 11 concessions de forêt primaire protégée par les communautés locales (délimitées en blanc sur la petite carte). En rose, les 165 cacaoyers sauvages géoréférencés.

Ces travaux sont réalisés dans le projet Nativo piloté par le CIRAD et mené en étroite collaboration avec la coopérative de cacao Choba Choba, l’alliance Biodiversity & CIAT, les communautés locales et les agriculteurs. Ils sont soutenus financièrement par la fondation Vontobel, la fondation suisse de l’économie cacaoyère et chocolatière, la fondation Temperatio et la société Choba Choba AG.

Xavier Argout présente la mission aux communautés locales de la concession de Pucalpillo © CIRAD, C. Dangléant

Xavier Argout présente la mission aux communautés locales de la concession de Pucalpillo © C. Dangléant, CIRAD

Le projet Nativo résulte de la volonté des cacaoculteurs de la région de diversifier leur production. Car dans la vallée du Huayabamba, l’immense majorité des habitants produisent du cacao. Ils et elles cultivent des clones commerciaux (principalement du CCN51), plantés il y a près de 25 ans. Cette uniformité variétale, bien qu’originellement très productive, a également offert un terreau favorable à la prolifération progressive de plusieurs maladies et ravageurs. Si bien qu’aujourd’hui près de 50 % des récoltes sont perdues.

Vue de drone de la vallée du Huayabamba en Amazonie péruvienne © P. Japami

Vue de drone de la vallée du Huayabamba en Amazonie péruvienne © P. Japami

Expédition au cœur de la forêt primaire

Un membre de l’expédition, cacaoculteur et patrouilleur, dans la zone de protection forestière Dos velos de novia. Il pose avec l’ardoise d’identification pour garder une trace visuelle de l’arbre © CIRAD, X. Argout

Un membre de l’expédition, cacaoculteur et patrouilleur dans la zone de protection forestière Dos Velos de Novia. Il pose avec l’ardoise d’identification pour garder une trace visuelle de l’arbre © X. Argout, CIRAD

La mission a nécessité plusieurs mois de préparation et mobilisé 65 personnes au total : scientifiques, cacaoculteurs et personnes en charge des concessions de conservation forestières. Après 12 jours de travail difficile au cœur de la forêt naturelle, l’opération a été couronnée de succès comme en témoigne Xavier Argout, généticien du cacaoyer au CIRAD et aujourd’hui coordinateur de Nativo. « Ce n’était pas une mission simple. On marchait entre 15 et 20 km par jour, avec une progression assez lente dans la forêt dense et souvent dans la boue. Mais les résultats sont au-delà de nos espérances, car on ne s’attendait pas à trouver autant de cacaoyers dans ces petites poches de forêts primaires ! »

Récolte de feuilles des cacaoyers sauvages dans la concession de conservation de forêt primaire de Pucalpillo. Elles serviront à extraire l’ADN pour effectuer les analyses génétiques © CIRAD, C. Dangléant

Récolte de feuilles des cacaoyers sauvages dans la concession de conservation de forêt primaire de Pucalpillo. Elles serviront à extraire l’ADN pour effectuer les analyses génétiques © C. Dangléant, CIRAD

Les équipes mobilisées dans cette bioprospection ont exploré une partie des 400 000 ha de forêt primaire protégée et ont géoréférencé 165 cacaoyers sauvages (Theobroma cacao). À chaque fois le protocole se répète : d’abord la collecte de données pour chaque arbre et son environnement, le marquage, puis le prélèvement de quelques feuilles pour les analyses génétiques, de fruits s’il en a, et de jeunes rameaux destinés au greffage afin de conserver le matériel génétique dans un jardin de conservation implanté dans la région. Au total, la sauvegarde de ces 165 cacaoyers sauvages a été assurée par la réalisation de plus 1500 plants greffés et les 26 fruits récoltés ont permis de semer 99 graines.
Pour Xavier Argout, « avoir trouvé autant de cacaoyers est vraiment un bon signe pour trouver des variétés qui soient potentiellement adaptées aux conditions locales. Et on espère vraiment que ce travail pourra être transmis aux producteurs de la région. » 

La diversité génétique, une richesse à révéler

Cette région de l’Amazonie péruvienne est pourtant le berceau originel de Theobroma cacao. Elle abrite une grande diversité de cacaoyers sauvages au cœur de la forêt naturelle, mais aussi parfois disséminés dans des parcelles cultivées. Eric Garnier est fondateur et président exécutif de la société Choba Choba. « Cette biodiversité unique est une richesse sur laquelle on espère s’appuyer. C’est dans cette optique que nous avons lancé le projet Nativo il y a presque 10 ans, de manière un peu empirique. On a commencé par valoriser des cacaoyers natifs de la région présents spontanément dans certaines parcelles. Leurs fèves présentent des qualités gustatives vraiment intéressantes. On a greffé ces cacaoyers natifs pour les multiplier dans un jardin de conservation. Aujourd’hui ça a pris de l’ampleur et on est fier de travailler avec le CIRAD et l’alliance Biodiversity & CIAT. »

Vue de drone du jardin de conservation initié par Choba Choba qui réunit des cacaoyers identifiés par les cacaoculteurs comme natifs de la région et présents dans certaines parcelles cultivées aux côtés des clones commerciaux © P. Japami

Vue de drone du jardin de conservation initié par Choba Choba qui réunit des cacaoyers identifiés par les cacaoculteurs comme natifs de la région et présents dans certaines parcelles cultivées aux côtés des clones commerciaux © P. Japami

María del Pilar Castillo Pérez, présidente de la coopérative Choba Choba, complète : « le projet Nativo est une formidable opportunité pour identifier la biodiversité des cacaoyers de nos forêts. L’enjeu n’est pas seulement scientifique, mais aussi de créer des opportunités pour les producteurs d’avoir un cacao originaire de la région qui leur permette d’accéder à de nouveaux marchés. Des marchés où l’on valorise l’histoire d’un cacao qui nous représente et la façon dont il est produit. »

Chercheurs et agriculteurs, main dans la main

Depuis quelques mois, le projet entre dans sa phase la plus stratégique sous le pilotage du CIRAD. Notamment avec ce grand point d’étape qu’est la bioprospection. Pour Xavier Argout, « c’est une aubaine de pouvoir nous appuyer, nous scientifiques, sur la dynamique initiée par Choba Choba et sur leur jardin de conservation sur lequel nous avons déjà réalisé des analyses génétiques. La bioprospection de cacaoyers sauvages en forêt était l’étape suivante pour découvrir et caractériser ces populations sauvages qui détiennent peut-être des clés essentielles pour la résilience, la diversité aromatique et l’adaptation au changement climatique. »

Prochaine étape : révéler toute l’originalité des cacaoyers identifiés en forêt en caractérisant leur diversité génétique, leurs performances agronomiques et les qualités sensorielles des chocolats issus de ces variétés natives de la vallée du Huayabamba.

L’un des trois groupes de bioprospection en fin d’exploration de la concession de Pucalpillo © CIRAD, C. Dangléant

L’un des trois groupes de bioprospection en fin d’exploration de la concession de Pucalpillo © C. Dangléant, CIRAD

Choba Choba, le « farmer owned » pour rendre du pouvoir aux agriculteurs
À la fin des années 1990, les communautés de la vallée du Huayabamba ont engagé une transition profonde : sortir de la culture de la coca pour se tourner vers le cacao comme moyen de subsistance. Cette transition n’était pas seulement économique, elle a profondément transformé le tissu social de la région et ouvert la voie à de multiples initiatives de recherche et de conservation.
Choba Choba est née de cette dynamique en 2015. Cette marque de chocolat suisse est un modèle innovant et inclusif puisqu’il est détenu en copropriété par les producteurs et productrices de cacao qui sont regroupés dans une coopérative du même nom. Ce modèle participatif garantit une voix forte aux familles d’agriculteurs dans tous les organes de prise de décision de l’entreprise.