Antibiorésistance : une étude illustre l’interconnexion entre santés humaine, animale et environnementale à Madagascar

La dynamique d’apparition de ces résistances est directement liée à l’exposition des bactéries aux antimicrobiens. Soit au sein de leurs organismes lors de la prise d’antibiotiques chez l’homme ou les animaux d’élevage, soit par la simple présence des antimicrobiens dans l’environnement (eaux, sols…). Réduire la consommation globale d’antibiotique est donc un premier levier pour contrer ce phénomène inquiétant. Un second levier serait de limiter la circulation de ces résistances entre les hôtes et leur environnement, dans l’esprit de l’approche Une seule santé/One Health.

Une étude novatrice sur la transmission des résistances bactériennes

Afin d’évaluer le risque de transmission des gènes de résistances entre bactéries issues de compartiments différents (hôtes, environnement), une équipe du Cirad, en collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar, a mené une étude pilote dans la région d’Antananarivo à Madagascar. Des souches d’Escherichia coli résistantes aux antibiotiques de la classe des bêtalactamines, des molécules communément utilisées pour traiter les animaux et les hommes dans cette région, ont été utilisées comme modèle d’étude et recherchées chez différents hôtes (humains, porcs, poulets, canards, bovins…) et au sein de l’environnement (eau de boisson et d’irrigation).

Ces bactéries résistantes ont été identifiées dans près de 40% des échantillons prélevés, que ce soit sur des humains, des animaux ou dans l’environnement. En séquençant et en analysant les génomes complets de 510 souches Escherichia coli résistantes, les scientifiques ont réussi à reconstruire leurs relations phylogénétiques, à identifier les gènes conférant l’antibiorésistance puis à estimer les évènements de transmissions.

Des résistances multiples, un risque majeur pour la santé et la sécurité alimentaire

Les résultats de cette étude ont tout d’abord révélé une très grande diversité génétique bactérienne à l’échelle d’une zone géographique restreinte. Ils ont également permis d’identifier de nouveaux groupes d’Escherichia coli résistantes aux bêtalactamines précédemment inconnus. Ces souches présentent un large répertoire de gènes de résistances qui leur confèrent un phénotype multi-résistant, posant un risque majeur pour la santé publique et alimentaire.

Une circulation intense entre les hôtes et l’environnement

Mais le résultat certainement le plus inédit, en contraste flagrant avec les observations précédemment réalisées dans les pays du Nord, est la facilité avec laquelle ces résistances semblent circuler entre les différents hôtes et compartiments. Les chercheurs ont mis en évidence des événements de transmission tellement fréquents qu’il leur a été impossible de distinguer des bactéries qui seraient spécifiques d’un hôte ou d’un environnement donné, c’est-à-dire une absence de structure génétique.

De multiples perspectives de recherches

Cette étude, une des premières de cette envergure réalisée au Sud, illustre donc la nécessité d'adopter une approche intégrée associant santé humaine, animale et environnementale pour lutter contre un phénomène aussi complexe que l’antibiorésistance. Une connaissance approfondie des différents mécanismes évolutifs menant à l’émergence et à la diffusion de l’antibiorésistance à l’échelle globale apparaît essentielle pour la mise en place de stratégies de lutte et de contrôle pertinentes et efficaces. Dans ce contexte, de nouvelles recherches sont actuellement menées au Cirad à Madagascar dans le cadre du programme prioritaire de recherche Antibiorésistance porté par l’alliance AVIESAN, au Vietnam dans la cadre du projet I-CRECT et sur d’autres territoires, pour valider et préciser les résultats obtenus dans le cadre de cette étude pilote.

Ce travail de recherche a été financé conjointement par l’Agence de Santé de l'Océan Indien, le projet TROI INTERREG V FEDER 2018-2020 et la bourse L'Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science (2019 Jeunes Talents). Il s’inscrit dans le cadre du Dispositif en partenariat One Health Océan Indien.