LamHis : lames histologiques virtuelles d’anatomie végétale

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Un outil et un savoir-faire de création, numérisation et interprétation de lames histologiques, pour explorer et analyser les constituants des végétaux à travers l’imagerie cellulaire et proposer des solutions de traitement en haut-débit.
Aubergine observée en micro-tomographie aux rayons X avec segmentation des graines (en bleu) et des tissus vasculaires (en vert) © Marc Lartaud, Cirad

Aubergine observée en micro-tomographie aux rayons X avec segmentation des graines (en bleu) et des tissus vasculaires (en vert). ©  Marc Lartaud, Cirad

La numérisation des lames histologiques adapté au domaine de l’anatomie végétale

La technologie LamHis offre la possibilité de numériser les coupes histologiques montées sur lames de verre. Au-delà de la sécurisation de lames histologiques de référence, il devient alors possible d’observer ces lames numérisées à très haute résolution sur un ordinateur distant comme on le ferait avec un microscope et découvrir à loisir la structure de l’organe à l’échelle tissulaire, cellulaire et infra cellulaire. La méthode, déjà largement utilisée en médecine humaine ou vétérinaire, présente un intérêt majeur en anatomie végétale. La technologie LamHis permet d’y accéder via des outils et un savoir-faire expert que le Cirad met à disposition.

Stade de développement

TLR9 - Validation du système dans un environnement réel - solution transférable en l'état pour application/diffusion immédiate.

TLR9 - Validation du système dans un environnement réel - solution transférable en l'état pour application/diffusion immédiate.

4 avantages à la numérisation des lames

Cette technique réadaptée au monde du végétal permet de : 

  • Sauvegarder et gérer des lames de verre en créant des lames virtuelles
  • Récupérer & visualiser gratuitement les lames numérisées grâce au logiciel de navigation (NDPI Viewer en open source) ou via zoomify ; 
  • Rendre visibles les lames stockées par plusieurs personnes en même temps sur les ordinateurs ;
  • Annoter les lames pour une meilleure utilisation à des fins pédagogiques, de suivi ou de recherche scientifique

LamHis, une palette d’applications via l’imagerie végétale

LamHis s’adresse à différents profils de professionnels qui utilisent ou enseignent la matière végétale et qui souhaitent mettre en œuvre une dynamique d’observation du végétal plus pointue : sélectionneurs, technologues, ingénieurs R&D, conservateurs de lames, éditeurs de solutions pédagogiques et instituts de formation.

Ce service permet d’envisager un grand nombre d’applications à différents acteurs :

Musées, conservatoires et jardins botaniques : 

Conservation des lames de collection et diffusion multi-postes de la bibliothèque

Filières agricoles et industrielles : plantes alimentaires, plantes à épice et arômes, plantes à latex, plantes à fibres, plantes tinctoriales…

Sélection variétale et diagnose ; Identification des zones et caractéristiques d’intérêt des fibres, visualisation des éléments d’un traitement d’extraction de composés d’intérêt et optimisation des procédés d’extraction assistée par imagerie.

Organismes d’enseignement à distance en anatomie végétale :

 Illustration de cours, conception de travaux dirigés (TD) ou de travaux pratiques (TP)

L’offre de service se décline au travers de services complémentaires :

  1. La formation des équipes de laboratoire pour améliorer leurs compétences dans le domaine de l’histologie ;
  2. Un accompagnement sur les questions d’assurance qualité, de standardisation et d’intégration des lames virtuelles à grande échelle.

En savoir plus sur la plateforme d’histocytologie et d’imagerie végétale 

L’équipe de recherche : L’équipe de la Plateforme en Histologie et Imagerie Cellulaire des Végétaux, au sein de l’Unité de recherche mixte Agap, bénéficie plus de 70 ans d’expérience dans son domaine, ce qui lui confère une avance et une reconnaissance considérable en France et en Europe dans le domaine de l’anatomie végétale. Les chercheuses et chercheurs ont ainsi pu développer des compétences de haut niveau pour la mise au point de nouveaux équipements et protocoles pointus de traitement des échantillons végétaux, d’inclusion pour le montage sur lame, de coloration, de numérisation et d’annotation des zones etc..

Voir aussi