Le virus Ebola est-il bien transmis par les chauves-souris ?

Science en action 18 décembre 2019
Même si de nombreuses évidences épidémiologiques l’indiquent, la preuve irréfutable que les chauves-souris sont bien les réservoirs du virus Ebola n’a jamais pu être apportée. En effet, le virus actif n’a jamais été retrouvé chez aucune espèce de chiroptère. Dans le cadre du projet Ebo-Sursy, les chercheurs du Cirad en partenariat avec l’IRD, Institut Pasteur et l’OIE proposent une approche novatrice pour mener à bien cette enquête.
Prélèvements sur chauves-souris par l’équipe Cirad-DVS-OGUIPAR en Guinée © H.De Nys, Cirad

Comment le virus Ebola se maintient-il et circule-t-il au sein de la faune sauvage ? Cette question épineuse est incontournable pour prévenir les épidémies humaines. C’est aussi l’un des nombreux volets couverts par le projet Ebo-Sursy (voir encadré).

Tout pointe vers les chauves-souris

Des « patients zéros » en contact avec des chauves-souris, des fragments du virus Ebola retrouvés dans les organes de chiroptères, des chauves-souris expérimentalement capables de maintenir le virus de façon asymptomatique… «De nombreux indices indiquent que ces animaux seraient le principal réservoir de la maladie, mais nous n’en avons pas la preuve formelle, explique Hélène De Nys, vétérinaire écologiste au Cirad. Cette preuve consisterait à trouver un virus actif dans un chiroptère. Or, ce n’est jamais arrivé malgré des milliers de prélèvements effectués. »

Mobiliser l’écologie et la biologie pour trouver le virus

Pour mener à bien cette quête, les scientifiques du Cirad proposent une approche novatrice basée sur l’écologie et la biologie des espèces de chauves-souris identifiées allant de l’étude de la répartition et des déplacements, à la reproduction. Afin d’augmenter les chances de trouver le virus chez des individus vivants, les chercheurs se basent sur d’autres modèles de maladies. Par exemple, en Asie du Sud-Est, il a été montré que la circulation du virus Nipah chez les chauves-souris augmente durant une partie de l’année. Sachant cela, les virologues effectuent leurs prélèvements durant cette période afin accroître la probabilité de trouver le virus Nipah. Autre piste choisie par les chercheurs du Cirad : le sperme de chauves-souris. Les scientifiques vont tenter de prélever des échantillons de liquide séminal, car il a été montré chez des patients humains contaminés par le virus, que c’est dans ce fluide corporel que le virus persiste le plus longtemps.

De l’intérêt d’identifier les espèces réservoirs

Les épidémies récentes et actuelles de la maladie à virus Ebola en Afrique de l’Ouest et en Afrique centrale pointent les risques liés à l’insuffisance des moyens de détection, de prévention et de riposte des pays. Elles révèlent également l’importance de :

  • renforcer les systèmes de santé publique et animale,
  • former du personnel compétent dans tous ces pays et
  • promouvoir l’approche « une seule santé ».

Une particularité du virus Ebola est d’être transmis par la faune sauvage. Or, les protocoles de surveillance au niveau de cette faune sont souvent très complexes à mettre en place.

Une urgence sanitaire mondiale

Déclarée le 1er août 2018, l’épidémie de maladie à virus Ebola en cours en République démocratique du Congo a fait 2 200 morts. En juillet 2019, l’Organisation mondiale de la santé avait déclaré Ebola urgence sanitaire mondiale*. Ce statut exceptionnel a été renouvelé le 18 octobre dernier. L’épidémie est la dixième sur le sol congolais depuis 1976, et la deuxième plus grave de l’histoire en termes de cas et de décès recensés, après celle de 2014 en Afrique de l’Ouest.

* L’urgence sanitaire mondiale est une mesure exceptionnelle, qui n’a été décrétée que quatre fois seulement par l’OMS : en 2009 pour la grippe H1N1, en 2014 pour la poliomyélite, en 2014 pour l’épidémie d’Ebola qui a fait plus de 11 300 morts dans trois pays d’Afrique de l’Ouest (Liberia, Guinée, Sierra Leone) et en 2016 pour le virus Zika.

Ebo-Sursy : améliorer la surveillance d’Ebola

Le projet Ebo-Sursy est financé par l’Union européenne (UE) pour 5 ans (2017-2021) dans 10 pays prioritaires. Ce projet est coordonné par l’OIE et mis en œuvre avec une approche « Une seule santé » en partenariat avec le Cirad, l’IRD et l’Institut Pasteur. L’impact attendu est l’amélioration des capacités nationales et régionales des systèmes de détection précoce du virus Ebola en Afrique de l’Ouest et Centrale. Pour atteindre ces objectifs, le projet se décline en trois volets dans lesquels intervient le Cirad:

  • Le renforcement des capacités

Le Cirad encadre des étudiants de 3e cycle, organise des formations destinées aux services de santé et vétérinaires et aux agents des parcs nationaux et propose des modules d’enseignement pour des programmes de master.

  • La sensibilisation des communautés

Les zones d’études des chauves-souris où interviennent le Cirad et ses partenaires sont propices à la sensibilisation des populations locales aux risques liées aux chiroptères et à la viande de brousse en général.

  • Le renforcement des protocoles de surveillance

Le Cirad cherche à comprendre, par une approche écologique, les modes de transmission du virus entre les espèces réservoirs, les espèces intermédiaires et les humains, et il participe également à l’étude de la dynamique virale. A travers des études socio-économiques, le Cirad cherche également à développer des protocoles de surveillance participative pour l’identification précoce de maladies provenant de la faune sauvage. Ces protocoles sont adaptés aux contextes locaux et prennent en compte l’approche One Health.