Coronavirus : des mutations génétiques récurrentes identifiées par une étude internationale

Résultats & impact 10 juin 2020
Une analyse génétique de plus de 7500 prélèvements de virus SARS-CoV-2 responsable du Covid-19 a mis en évidence environ 200 mutations récurrentes du coronavirus. L’étude internationale a été menée par l’University College de Londres en association avec le Cirad et l’Université de la Réunion. Elle apporte une aide précieuse à l’élaboration de traitements et de vaccins.
Le Cirad et l’Université de la Réunion, notamment dans le cadre de l’unité mixte de recherche PVBMT ont été associés à cette étude internationale à travers la mobilisation de la «task force» réunionnaise regroupant, outre les équipes du PVBMT, celles de trois autres unités de recherche de l’Université de La Réunion ainsi que du CHU.

La compréhension de l’évolution génomique du SARS-CoV-2 est une étape utile à l’élaboration de traitements et de vaccins. Dans une étude publiée récemment, des chercheurs de l'University College de Londre (UCL), en partenariat avec l’université d’Oxford, l’Imperial College de Londres, le Cirad et l'Université de La Réunion, ont analysé la diversité génétique des génomes du SARS-CoV-2 sur la base de plus de 7500 prélèvement sur des personnes infectées par ce coronavirus.

« Tous les virus mutent naturellement, explique François Balloux, professeur à l'Institut Génétique de l'UCL. Les mutations ne sont pas une mauvaise chose en soi, et rien n'indique que le SARS-CoV-2 mute plus vite ou moins vite que prévu. Pour le moment, nous ne pouvons pas affirmer qu'il deviendra plus ou moins mortel ou contagieux. »

Ces petits changements génétiques, ou mutations, ne sont pas distribués équitablement sur l'ensemble du génome du virus. Les chercheurs indiquent que les parties du génome ayant connu très peu de mutations seraient les meilleures cibles pour les éventuels traitements ou pour servir le développement d'un vaccin.

« Le risque majeur dans la lutte contre un virus, c’est que le vaccin ou le traitement ne soit plus efficace lorsque le virus a muté, ajoute le Professeur Balloux. Si nous concentrons nos efforts sur les parties du virus qui sont les moins susceptibles de muter, nous aurons de meilleures chances de développer des médicaments efficaces sur le long terme. »

Le Cirad et l’Université de La Réunion ont participé à cette étude dans le cadre de la mobilisation de la « task force » réunionnaise regroupant des équipes de l’unité mixte de recherche Peuplement végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (PVBMT – Cirad-Université de la Réunion), et celles de trois autres unités* de recherche de l’Université de La Réunion ainsi que du CHU. Cette « task force » est mobilisée localement, nationalement et internationalement pour trouver des solutions en termes de dépistage ou de traitement à la crise sanitaire actuelle.

Southgreen, un supercalculateur bioinformatique au service de la génomique

Ces travaux ont été réalisés avec le concours du centre de données et de calcul haute performance du CIRAD - UMR AGAP au sein de la plateforme de bioinformatique South Green.
« L’étude a bénéficié de la puissance de calcul de la plateforme pour reconstituer 348 génomes complets à partir des données brutes de séquençage », précise Damien Richard, en post-doctorat au Cirad et co-auteur de l’étude.

* Unités de recherche :

  • Diabète athérothrombose thérapies Réunion océan Indien (INSERM / Université de La Réunion)
  • Etudes pharmaco-immunologiques
  • Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (INSERM/Université de La Réunion)

Référence

Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2, L van Dorp, M. Acman, D. Richard, L.P. Shaw, C.E. Ford., L. Ormond, C.J. Owen, J. Pang, C.C.S. Tan, F.A.T. Boshier, A.T. Ortiz, F. Balloux, Infection, Genetics and Evolution, Volume 83, September 2020
https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104351

Cette actualité est une adaptation d'un article initialement publié sur le site de l'Université de la Réunion.

Voir aussi