Formation sur la génomique fonctionnelle et comparative en faveur de la création de nouvelles variétés de plantes à Madagascar

Un module issu d’une série de formation construite pour accélérer la transmission des connaissances

BigOmics est un module de formation développé par une communauté de chercheurs dans le cadre d'un projet désigné CultiVar. Ce projet a mobilisé des chercheurs autour de l’enseignement afin de favoriser le transfert des connaissances sur les avancées de la recherche aux étudiants de différents pays. Cette initiative a été réalisée dans le cadre d’un partenariat international avec l’Université de Montpellier, l’Université de Dakar, l’Université de Hanoï et l’Université d’Antananarivo. Les formations étaient initialement destinées à des étudiants en Master qui s’étaient déplacés à Montpellier dans le cadre du projet. Certains des modules construits dans ce projet, dont BigOmics, ont été reproduits dans différents contextes. Des formations BigOmics ont été organisées à Dakar, au Portugal avant la session à Madagascar. Cette dernière a été administrée par des chercheurs de l'UMR Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales du Cirad et de l'INRAE, en collaboration avec l'Université d'Antananarivo et le Fofifa avec un intervenant de l'Université Cheikh Anta Diop de Dakar. La formation a pu se concrétiser grâce à l'appui de l'Agence universitaire francophone (AUF) dans le cadre du projet Diversité et Valorisation des Génomes (DiVaGénomes).

La génomique fonctionnelle et comparative au service de la création de variétés de plante adaptées

L’avènement des technologies de séquençage de pointe entraine une explosion de données « omiques » sur les principales cultures végétales. Le module BigOmics consiste à doter les participants des compétences nécessaires pour analyser les séquences et les structures génomiques, les annoter, caractériser leur diversité et leurs profils d'expression, permettant de mieux répondre aux questions de recherche sur la diversité et l'adaptation des plantes.

Les données traitées dans la formation BigOmics concernent surtout la culture de riz mais également du bananier et de cannes à sucre. Des plateformes utilisant des outils bioinformatiques de pointe ont été mises en place pour analyser des ensembles de données originales, permettant une compréhension approfondie de l'évolution et de l'expression des génomes végétaux.

L’atelier a reçu une quarantaine de participants dont des étudiants en master 2 dans le domaine de la génétique pour la plupart, mais également des doctorants et des enseignants chercheurs malgaches. A coté des cours magistraux, la formation a surtout favorisé l’interaction entre les participants et les formateurs et leur implication active des à travers des travaux dirigés.

La formation a permis aux participants d'acquérir les compétences nécessaires pour accéder, utiliser et analyser différents types de données omiques. Cela contribuera à stimuler les recherches en génomique fonctionnelle et en biotechnologie végétale à Madagascar, accélérant ainsi les progrès notamment dans la création de nouvelles variétés adaptées aux conditions locales et aux variations climatiques. L'évaluation des participants s'est faite sur la base de leur participation active et de la qualité des projets proposés à la fin du module, lors d'un travail en groupe conforme à des directives préalablement fournies.

Le Directeur régional du Cirad en Afrique australe et à Madagascar, Jean-Marc Bouvet, lui-même spécialiste de la génétique, a placé quelques mots lors de la clôture de l’atelier en partageant ses expériences avec les participants. Il a souligné l’importance d’une formation en partenariat notamment dans la transmission des avancées des connaissances utiles au développement. Ce genre de formation favorise des réflexions utiles enrichies par la diversité culturelle des intervenants.

La session tenue à Madagascar constitue un aboutissement par rapport à un processus de construction et de transmission de connaissances, mais ne représente pas un bouquet final dans le sens où elle se poursuivra encore dans d'autres pays pour atteindre plus d'étudiants.