Soutenance de thèse de Leny Calvez

12/12/2022
Leny Calvez a soutenu sa thèse intitulée : "Implication de la polyploïdie dans l'adaptation des agrumes au déficit hydrique et caractérisation génétique de populations de porte-greffes hybrides tétraploïdes", le lundi 28 Novembre 2022 sur la Station de Neufchâteau.

Photo Leny Calvez © Leny Calvez

Durant ces dernières années, les programmes d’amélioration des agrumes ont porté un intérêt plus particulier sur la polyploïdie, celle-ci améliorant l’adaptation des porte-greffes aux contraintes environnementales. Le travail de thèse de Leny a eu pour objectif d’identifier les déterminants physiologiques et moléculaires impliqués dans la tolérance des polyploïdes au déficit hydrique et de caractériser génétiquement deux nouvelles populations de porte-greffes hybrides tétraploïdes (4x) pour la sélection de nouveaux génotypes mieux adaptés aux contraintes actuelles de l’agrumiculture. Dans un premier volet, il a été examiné la réponse au déficit hydrique de quatre combinaisons de scions et de porte-greffes avec différents niveaux de ploïdie : le limettier Mexicain diploïde (2x) (Citrus aurantiifolia) et le limettier Tahiti triploïde (3x) (C. latifolia) ont été greffés sur des porte-greffes citrumelo (C. paradisi × Poncirus trifoliata) 2x et 4x. Afin de caractériser les traits de tolérance au déficit hydrique, des études physiologiques, hormonales, biochimiques et transcriptomiques ont été réalisées. Ces analyses ont permis de mettre en évidence une meilleure adaptation des porte-greffes 4x vis-à-vis du déficit hydrique lorsqu’ils sont cultivés en pots. Dans un second volet, deux populations de porte-greffes hybrides 4x : une population de 125 individus issue de l'hybridation entre les porte-greffes volkameriana 4x (C. reticulata x C. medica) et citrumelo 4x (C. paradisi x P. trifoliata) et une population de 58 individus issue du croisement entre le volkameriana 4x et le citrandarin 4x (C. reticulata x P. trifoliata) ont été analysés. Un génotypage des hybrides par la méthodologie KASPar a permis d’établir une carte génétique du citrumelo et une analyse du comportement méiotique du citrumelo et du citrandarin. Un faible taux de recombinaison a été observé et s’explique par un appariement chromosomique préférentiel élevé se traduisant par une ségrégation intermédiaire à tendance disomique. Ce type de ségrégation, permet la transmission à la descendance d’une grande part de la valeur génétique des porte-greffes intergénériques d'origine. Dans un troisième et dernier volet, une caractérisation génétique plus fine a été réalisée à partir de données GBS de 103 hybrides de la population de porte-greffes 4x volkameriana x citrumelo. Deux cartes génétiques de hautes densités ont été générées. L’analyse complète du fonctionnement méiotique des deux géniteurs a mis en évidence une ségrégation intermédiaire à tendance disomique pour le citrumelo et un comportement méiotique plus complexe pour le volkameriana avec un mélange de profil de ségrégation. L’héritabilité de gènes d’intérêt impliqués dans la tolérance au HLB et la résistance au CTV et aux nématodes a été étudiée au sein de la population. Pour finir, un phénotypage du développement racinaire a été réalisé afin d’évaluer les capacités d’enracinement de chaque hybride en vue de sélectionner des porte-greffes plus tolérants au déficit hydrique. Les données de phénotypage ont ensuite été couplées aux données GBS dans le but d’effectuer une étude d’association génétique pour identifier des QTL impliqués dans le développement et l’élongation racinaire.

Cette thèse a été co-financée par la Région Guadeloupe et le Cirad