Quelles gestion et résilience face à la fièvre de la vallée du Rift détectée au Sénégal ?

Chercheure en virologie médicale et vétérinaire, Catherine est tout particulièrement passionnée par les maladies virales d'origine animale transmises par des vecteurs et pouvant se transmettre à l'homme. Son virus d'intérêt est le virus de la fièvre de la vallée du Rift (FVR). Elle est responsable du laboratoire national et international de référence OMSA pour le virus de la fièvre de la vallée du Rift au Cirad, au sein de l'unité de recherche Astre (Animaux, santé, territoires, risques et écosystèmes). Elle possède également une très bonne connaissance de certains pays d'Afrique du Nord et de l'Ouest, tels que le Sénégal et la Mauritanie où elle y conduit des projets de recherche en partenariat avec les institutions nationales, ainsi que certains départements français et pays de la région Sud-Ouest de l'Océan indien (La Réunion, Mayotte, Union des Comores, Madagascar).

Depuis le 21 septembre 2025 nous avons noté l’apparition de la fièvre de vallée du Rift au Sénégal, cela était-il prévisible vu l’état des contrôles vétérinaires et l’accès des services de santé animale pour les éleveurs pastoraux ?

Catherine Cêtre-Sossah : La FVR a été décrite au Sénégal pour la première fois en 1987, suite à la construction du barrage de Diama, à la frontière entre le Sénégal et la Mauritanie. Plusieurs épidémies ont eu lieu depuis, notamment en 1993/2003/2013.

Les services vétérinaires ont mis en place des troupeaux sentinelles, répartis dans les régions décrites comme à haut risque d’occurrence de FVR. La détection de circulation virale dans ces troupeaux permet d’alerter sur la survenue du virus qui pourrait être à l’origine d’une épizootie dans d’autres troupeaux et d’une épidémie chez l’homme puisque la FVR est une zoonose. Les chefs de postes vétérinaires déployés dans chaque commune de chaque département, tout comme les inspecteurs vétérinaires départementaux et régionaux sont les personnes ressources pour les éleveurs pastoraux. Ils sont mobilisables et doivent être mobilisés par les éleveurs pour la notification de cas d’animaux malades ou d’avortements. Ils sont des personnes clefs dans une épidémie, considérés comme des personnes de confiance par les éleveurs puisqu’ils sont le relais de terrain pour le contrôle le meilleur possible d’une épidémie naissante. Ils doivent être sensibilisés avant les périodes d’hivernage décrites comme des périodes à risque d’épidémies (juin/juillet/août) et mieux accompagnés. Leurs capacités/conditions de travail doivent être améliorées, pour une anticipation de la notification des anomalies observées sur le terrain, ils sont les personnes clés, à la base des événements initiaux observés devant une potentielle émergence/épidémie.

Quel a été l’apport du Cirad à travers le projet FEF AISSA - Approche intégrée Une Seule Santé dans la région Ouest africaine - pendant cette épidémie ?

C. C. S. : Le projet FEF AISSA - Approche intégrée Une Seule Santé dans la région Ouest africaine - a pour but de comprendre la dynamique de transmission de deux fièvres hémorragiques virales dont la FVR à la frontière entre le Sénégal et la Mauritanie, tous deux partenaires du projet. Il comporte plusieurs activités et notamment une activité visant à suivre la mobilité de troupeaux transhumants (ovins, bovins, caprins, camelins), avec un suivi sérologique et moléculaire du virus de la FVR et du virus de la fièvre Crimée Congo, mais également une investigation de ces virus dans la faune sauvage des parcs nationaux (antilopes, gazelles, rongeurs, chauve-souris). Le choix des éleveurs suivis a été fait avec des méthodes participatives.

Des prélèvements issus de suspicions cliniques provenant d’animaux de différentes régions du Nord-Sénégal (ovins, caprins, bovins) et du Sud de la Mauritanie (camelins) ont pu être diagnostiqués et séquencés permettant alors d’avoir une hypothèse sur l’origine des souches circulant dans cette épidémie de 2025, de part et d’autre de la frontière. Par ailleurs, en lien avec les chercheurs du Laboratoire population environnement développement de l’Institut de recherche pour le développement (IRD), des missions de captures de rongeurs ont pu être financées par le projet AfriCam, et les analyses réalisées sont prises en charge par le projet FEF AISSA. Par ailleurs, des tests de diagnostic rapide développés par le Cirad, permettant de détection au pied de l’animal, de façon précoce validés chez l’animal ont été mis à disposition et seront prochainement validés sur les prélèvements humains à disposition avec l’Institut Pasteur de Dakar.

Quelle est votre perception de l’impact, en termes de gain ou de perte, que cette épidémie a eu sur les ménages pastoraux ?

C. C. S. : Un fort impact économique a été ressenti par les éleveurs en particulier dans les départements de la région de Saint-Louis, au Nord du Sénégal, mais également dans tout le pays, avec une forte mortalité d’animaux dans un troupeau, avec parfois un troupeau entier décimé. De lourdes pertes de production laitière ont également été observées, tout comme un impact important sur la vente d’animaux dans les marchés du pays, la restriction des mouvements d’animaux étant de mise pendant l’épidémie.

Les communautés pastorales étaient-elles résilientes en cette période d’épidémie ?

C. C. S. : Les communautés pastorales doivent faire face à de nombreux événements inattendus (climatiques, politiques). Les épidémies en font partie. Il est important de communiquer avec ces communautés puisque, ce sont elles qui doivent alerter devant les premières anomalies observées dans les troupeaux et à les notifier aux chefs de postes vétérinaires, qui doivent en informer les inspecteurs départementaux puis régionaux, afin de contrôler au mieux l’épizootie et d’éviter une épidémie humaine.

Est-ce que vous comptez publier un guide de bonnes pratiques voire un article sur la résilience des communautés pastorales et des services de santé animale face à cette épidémie au Sénégal ?

C. C. S. : Des données quantitatives illustrant l’impact que cette épidémie a eu sur le cheptel, source de vie des communautés pastorales, vont être rassemblées afin d’objectiver la résilience des communautés pastorales et des services de santé animale face à cette épidémie au Sénégal.

Les conditions environnementales rencontrées cette année (juillet-novembre 2025), notamment (i) les fortes pluies tombées suite à une longue période de sécheresse générant une forte densité de moustiques et (ii) la période de transhumance concomitante à ces fortes pluies ont été des facteurs de risque d’occurrence de la maladie.

Docteur Assane Gueye Fall est scientifique senior en médecine vétérinaire et directeur du Laboratoire national de l’élevage et de recherches vétérinaires (LNERV) au Sénégal. Vétérinaire de formation, titulaire d’un Master et d’un Doctorat en biologie animale avec spécialisation en entomologie médicale et vétérinaire, il développe depuis près de deux décennies des recherches sur la bio-écologie, la surveillance et le contrôle des vecteurs et des maladies vectorielles et zoonoses (trypanosomose animale africaine, West Nile, peste équine, bluetongue, fièvre hémorragique Crimée Congo, fièvre de la vallée du Rift). Auteur ou co-auteur de plus de cinquante publications dans des revues internationales à comité de lecture, il contribue activement à l’amélioration de la surveillance et de la santé animale en Afrique sahélienne.

Les services de santé animale étaient-ils suffisamment préparés pour faire face à cette épidémie de fièvre de la vallée du Rift ?

Assane Gueye Fall : Oui, dans une large mesure, les services de santé animale disposaient d’un cadre de préparation solide, mais l’épidémie a également révélé des marges d’amélioration.

Plusieurs éléments positifs de préparation peuvent être soulignés. Le Sénégal disposait déjà d’une connaissance historique et épidémiologique solide de la FVR, avec des épisodes antérieurs documentés (notamment 1987, 2013–2014) et une large distribution connue du virus sur le territoire national, comme l’ont montré les enquêtes sérologiques antérieures. Par ailleurs, des capacités nationales de diagnostic existaient, en particulier au niveau du Laboratoire national de l'élevage et de recherches vétérinaires de l’Institut sénégalais de recherches agricoles (ISRA-LNERV), qui a assuré le traitement et l’analyse de l’ensemble des prélèvements animaux (sang et avortons), ainsi que les investigations entomologiques et le séquençage génomique des souches virales circulantes. Le pays disposait également de plans de contingence et de plans d’action incident activables en cas d’émergence ; d’une expérience opérationnelle, acquise à travers plusieurs exercices de simulation, à la fois sur table et en grandeur nature, organisés aux niveaux national et régional ; et de stocks de vaccins vétérinaires, permettant la mise en œuvre rapide de la vaccination péri-focale ciblée autour des foyers animaux confirmés. Il convient également de souligner l’existence au Sénégal de systèmes de surveillance épidémiologique bien structurés, aussi bien en santé animale qu’en santé humaine, qui constituent un atout majeur dans la gestion des zoonoses prioritaires telles que la fièvre de la vallée du Rift. En santé animale, la surveillance repose sur un dispositif national coordonné par les services vétérinaires, avec l’appui technique de l’ISRA-LNERV, intégrant la notification des maladies, les investigations de terrain, la surveillance entomologique et les capacités de diagnostic et de confirmation en laboratoire. En santé humaine, la FVR est intégrée dans le système national de surveillance épidémiologique, avec des mécanismes d’alerte, de notification et d’investigation coordonnés par le Ministère de la Santé, et l’activation du Centre des opérations d’urgence sanitaire en cas d’événement. Ces deux systèmes, bien que relevant de secteurs distincts, sont interconnectés à travers l’approche One Health, favorisant le partage d’informations, la coordination des réponses et la mise en œuvre d’actions conjointes, tout en appelant à un renforcement continu de l’intégration et de l’exploitation conjointe des données pour une alerte plus précoce. Enfin, la coordination intersectorielle a été rapidement activée, avec la mise en place du Système de gestion des incidents et l’activation du Centre des opérations d’urgence sanitaire au niveau national et régional, conformément au plan de contingence FVR.

D’autre part, l’épidémie a mis en évidence plusieurs limites structurelles de la préparation. L’épidémie a montré que, malgré cette préparation, la détection précoce de la circulation virale chez les animaux et les vecteurs doit encore être renforcée, afin d’anticiper davantage les flambées avant l’apparition de cas humains. Des contraintes logistiques ont également été observées, notamment en ce qui concerne la disponibilité rapide des vaccins vétérinaires, des intrants de lutte antivectorielle, et des kits de diagnostic à grande échelle. Cependant, cela souligne la nécessité de passer d’une préparation essentiellement réactive à une préparation plus prédictive et anticipatrice.

Quelle est votre perception de l’impact de cette épidémie sur la filière d’élevage bovin et caprin ?

A. G. F. : L’épidémie de fièvre de la vallée du Rift a eu un impact significatif et multidimensionnel sur la filière d’élevage, en particulier bovine et caprine.

Sur le plan économique, les pertes sanitaires se sont traduites par une baisse de la production animale (viande, lait, reproduction), une dévalorisation des animaux sur les marchés, ainsi que des restrictions temporaires de mouvements dans certaines zones à risque. Ces effets ont été particulièrement marqués chez les éleveurs agropasteurs et pasteurs, dont la résilience économique repose largement sur la mobilité du bétail et la reproduction des troupeaux.

Sur le plan social, l’épidémie a accru la vulnérabilité des ménages d’éleveurs, déjà exposés aux aléas climatiques, en générant une perte de revenus et une insécurité alimentaire accrue. Elle a également renforcé la perception, au niveau communautaire, du lien étroit entre santé animale et santé humaine, ce qui justifie pleinement l’approche One Health adoptée.

Quel mécanisme de résilience mettre en place ou à renforcer (s'il existe déjà) pour prévenir d’éventuelles épidémies de ce genre ?  

A. G. F. : Pour prévenir et atténuer de futures épidémies de FVR, il est essentiel de mettre en place ou de renforcer des mécanismes de résilience intégrés et durables, articulés autour de l’approche One Health.

En priorité, le renforcement de l’alerte précoce est crucial. Cela passe par une surveillance intégrée animale–humaine–entomologique, incluant la faune sauvage, avec un usage systématique des données climatiques, environnementales et de mobilité animale pour anticiper les périodes et zones à risque élevé.

Ensuite, la résilience opérationnelle doit être consolidée par la constitution de stocks stratégiques de vaccins vétérinaires, de kits de diagnostic et d’intrants de lutte antivectorielle ; le renforcement des laboratoires régionaux et de leurs capacités de diagnostic rapide ; la formalisation et la mise à jour régulière des plans de contingence et plans d’action incident, avec des financements pré-identifiés.

Par ailleurs, la résilience communautaire est un levier clé. Elle repose sur la sensibilisation continue des éleveurs, leur implication dans la surveillance communautaire, et le renforcement des pratiques de biosécurité au niveau des exploitations, des marchés à bétail et des zones de transhumance.

Enfin, la résilience à long terme nécessite un investissement soutenu dans la recherche et l’innovation, notamment sur la dynamique des vecteurs, la génomique virale, la modélisation du risque et l’évaluation de l’efficacité des stratégies vaccinales, domaines dans lesquels l’ISRA-LNERV joue déjà un rôle central.