La sélection génomique, levier d’une amélioration variétale plus rapide

Accélérer l’innovation variétale face aux défis agricoles

L’amélioration variétale vise à développer des plantes plus performantes, capables de résister aux parasites et ravageurs, de mieux s’adapter aux changements climatiques et d’offrir une qualité accrue des produits récoltés. Elle constitue un levier central pour une agriculture durable, productive et résiliente.

En Afrique de l’Ouest, plusieurs filières stratégiques reposent sur des espèces pérennes telles que le cacaoyer, l’hévéa (Hevea brasiliensis), le palmier à huile, l’anacardier ou encore le karité. Ces cultures jouent un rôle économique et social majeur, en particulier en Côte d’Ivoire.

Cependant, l’amélioration génétique des plantes pérennes présente des contraintes importantes :

• cycles de vie longs ;
• entrée tardive en production ;
• périodes d’évaluation prolongées ;
• coûts élevés des essais au champ.

Ces caractéristiques ralentissent fortement la création de nouvelles variétés.

Paradoxalement, ce sont aussi ces espèces qui peuvent tirer le plus grand bénéfice des récentes avancées scientifiques et technologiques :

• séquençage de nouvelle génération et acquisition de données multi-omiques à haut débit ;
• phénotypage haut débit (imagerie infra-rouge, microscopie, capteurs numériques) ;
• développement des infrastructures de calcul intensif ;
• méthodes d’analyse de données massives et intelligence artificielle.

La sélection génomique : un changement de paradigme

La sélection génomique repose sur la recherche systématique des régions du génome contrôlant les caractères d’intérêt et sur la prédiction précoce, à grande échelle, des performances génétiques des individus au sein des populations de sélection.

Théorisée en 2001 par Meuwissen et al., cette approche consiste à utiliser des marqueurs répartis sur l’ensemble du génome pour prédire la valeur génétique d’un individu, sans attendre l’expression complète des caractères au champ.

Déjà largement appliquée en amélioration animale, notamment pour les caractères complexes tels que la production laitière, elle transforme progressivement les stratégies de sélection végétale.

Chez les plantes pérennes, les premiers résultats sont prometteurs :

• Eucalyptus : des plantations commerciales ont été établies à partir de clones élites obtenus plus rapidement grâce à la sélection génomique (Nippon Paper Industries, 2023).
• Hévéa : des travaux récents ont confirmé la capacité des modèles de prédiction à distinguer, dès le stade pépinière, des clones à haut rendement en caoutchouc de clones moins performants (Kouassi, 2026).

Ces avancées permettent de réduire significativement la durée des cycles de sélection tout en augmentant la précision des choix variétaux.

L’expertise du Cirad en génétique et génomique tropicales

Le Cirad dispose d’une expertise reconnue en génétique et génomique des cultures tropicales pérennes, ainsi qu’en optimisation des stratégies de sélection (Ahmadi & Bartholomé, 2022 ; Seyum et al., 2022).

En Côte d’Ivoire, des programmes d’amélioration génétique sont conduits depuis de nombreuses années par la recherche publique et des partenaires privés sur différentes espèces, notamment pérennes. L’intégration de la sélection génomique dans ces dispositifs représente une évolution stratégique pour renforcer l’efficacité des schémas de sélection existants.

Une mission scientifique dans trois universités ivoiriennes

Dans ce contexte, une mission scientifique a été menée du 13 au 23 janvier 2026 en Côte d’Ivoire.

Une intervention intitulée « Sélection génomique et application aux plantes pérennes » a été réalisée au sein de trois universités :

• Université Nangui-Abrogoua (Abidjan)
• Université Jean Lorougnon Guédé (Daloa)
• Université Péléforo Gon Coulibaly (Korhogo)

Les sessions s’adressaient à des étudiants de master et de doctorat ainsi qu’à des chercheurs.

Elles ont été dispensées par David Cros, directeur de recherche à l’UMR AGAP, et ont permis :

• de présenter les fondements théoriques de la sélection génomique ;
• d’exposer les outils statistiques et génomiques mobilisés ;
• d’illustrer l’application pratique à partir de cas concrets en amélioration génétique du palmier à huile, de l’hévéa et de l’eucalyptus.

Cette mission s’inscrit dans une dynamique de structuration de futurs projets de recherche et de formation sur la sélection génomique, en partenariat avec les universités ivoiriennes et le Centre national de recherche agronomique (CNRA).

L’objectif est de :

• renforcer les capacités scientifiques locales ;
• accompagner l’intégration progressive de la sélection génomique dans les programmes d’amélioration existants ;
• accélérer le développement de variétés adaptées aux conditions agroécologiques et aux besoins des filières agricoles d’Afrique de l’Ouest.

Références

Ahmadi N., Bartholomé J. (éd.). Genomic Prediction of Complex Traits: Methods and Protocols [En ligne]. New York, NY : Springer US, 2022. (Methods in Molecular Biology). https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2205-6 (consulté le 11 janvier 2023)ISBN : 978-1-0716-2204-9.

Georges M., Charlier C., Hayes B. Harnessing genomic information for livestock improvement. Nat Rev Genet. 2019. Vol. 20, n°3, p. 135‑156. https://doi.org/10.1038/s41576-018-0082-2

Kouassi D. K. Optimisation de l’amélioration génétique de l’hévéa (Hevea brasiliensis Müll. Arg) à l’aide de la sélection génomique. Thèse de Doctorat. Daloa : Université Jean Lorougnon Guédé, 2026.

Meuwissen T. H. E., Hayes B. J., Goddard M. E. Prediction of Total Genetic Value Using Genome-Wide Dense Marker Maps. Genetics. 2001. Vol. 157, n°4, p. 1819‑1829. https://doi.org/10.1093/genetics/157.4.1819

Nippon Paper Industries Co., Ltd. Nippon Paper Announces the Development of Commercial Clones through Selective Breeding Technology using Genomic Information (Genomic Selection). [s.l.] : [s.n.], 2023. Disponible sur :  Nippon Paper annonce le développement de clones commerciaux grâce à une technologie de sélection utilisant l'information génomique (sélection génomique)(consulté le 16 février 2026)

Seyum E. G., Bille N. H., Abtew W. G., Munyengwa N., Bell J. M., Cros D. Genomic selection in tropical perennial crops and plantation trees: a review. Molecular Breeding. 2022. Vol. 42, n°10, p. 58. https://doi.org/10.1007/s11032-022-01326-4