Pour améliorer les stratégies de lutte contre les espèces nuisibles et identifier les moyens de conservation des populations naturelles menacées, il faut modifier les contraintes auxquelles elles sont soumises, donc analyser ces contraintes pour chaque ensemble d'organismes ainsi que les adaptations aux modifications de ces contraintes.
Le Cbgp a pour vocation de comprendre les mécanismes qui régissent les populations d'organismes importants pour l'agriculture, l'environnement et la santé humaine. Ses études portent sur divers types d'organismes : des rongeurs, des crapauds, des insectes, des acariens, des nématodes, des agents pathogènes de ces invertébrés et des complexes d'organismes nuisibles aux cultures. Il étudie la structuration des populations au sein d'espèces, de complexes d'espèces ou de communautés, qui interagissent en fonction des pressions de sélection et des environnements. Les informations recherchées concernent la caractérisation des systèmes génétiques impliqués, l'analyse de leurs interactions et le déterminisme de leur valeur adaptative dans divers contextes environnementaux.