Le conseil scientifique assiste le Président directeur général du Cirad. Le conseil scientifique est consulté sur les programmes de recherche et d’études du Cirad. Il donne son avis sur leur contenu et leurs modalités d’exécution. Il peut formuler toute proposition concernant l’orientation des recherches. Il donne son avis sur la création ou la suppression des départements scientifiques. Il s'appuie sur les évaluations des unités réalisées par l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. Il établit un rapport annuel qui est présenté au conseil d'administration.
Le conseil scientifique comprend d'une part, dix personnalités scientifiques françaises et étrangères, dont huit au moins sont extérieures à l’établissement, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la coopération et du développement et d'autre part, cinq membres élus par les personnels du Cirad. Le mandat des membres du conseil scientifique est d’une durée de trois ans, il peut être renouvelé. Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation du son Président ou à la demande du PDG.
Les fonctions du conseil scientifique sont décrites dans la version en vigueur du décret Décret n°84-429 du 5 juin 1984 portant création et organisation du Cirad.
Voici la composition du conseil scientifique pour sa 11e mandature (octobre 2019 - octobre 2022)
Alioune Fall
Directeur général de l’ISRA (Dakar, Sénégal), Président du FARA (Forum for Agricultural Research in Africa)
Marie de Lattre-Gasquet (UMR Art-Dev) et Alexia Prades (UMR Qualisud)
Philippe Baret
Doyen de la Faculté d’ingénierie biologique, agronomique et environnementale et Professeur, Université catholique de Louvain (Belgique).
Ana Cristina Miranda Brasileiro
Chercheure principal en génomique des plantes à l’EMBRAPA (Brasilia, Brésil).
Christine Cherbut
Directrice générale déléguée Science & innovation INRAE (Paris, France)
Gilles Kleitz
Directeur du Département NAT (Agriculture, Eau et Biodiversité) de l’Agence Française de Développement (AFD) (Paris, France).
Paco Sérémé
Président du conseil d'administration de l'ICRISAT (Hyderabad, Inde) (Ougadougou, Burkina Faso)
Camilla Toulmin
Chercheure associée, International Institute for Environment and Development (IIED) (Londres, Grande-Bretagne)
Renuganth Varatharajoo
Vice-chancelier chargé des partenariats et des relations avec l'industrie, Vice-Président, Universiti Putra Malaysia (UPM) (Kuala Lumpur, Malaisie)
Diana Fernandez
Directrice de l'UMR IPME, Interactions Plante-Microbes-Environnement (IRD-UM-Cirad) (Montpellier, France)
Barbara Wieland
Responsable d’équipe en Santé des Troupeaux dans le programme ‘Animal and Human Health
’ à l’International Livestock Research Institute
(ILRI) (Addis-Abeda, Ethiopie).
Pierre Brat
(UMR QualiSud, Montpellier)
Paule Moustier
(UMR Moisa, Montpellier)
William'S Daré
(UPR Green, Montpellier)
Driss Ezzine de Blas
(UPR Forêts et sociétés, Mayotte), Vice-président du Conseil scientifique
Mathilde Sester
(UPR Aïda, Cambodge)