Système d’information géographique appliqués à l'épidémiosurveillance

Informatique, SIG, modélisation, statistiques Santé animale, maladies émergentes
L’épidémiologie et plus particulièrement l’épidémiosurveillance, ont pour objectif de représenter la situation d’une maladie sur un territoire donné afin de pouvoir prendre les mesures de lutte appropriées ou bâtir des hypothèses sur son origine ou ses risques de diffusion. Maîtriser un système d’information géographique devient ainsi une priorité pour ceux qui ont à gérer et à analyser des données de nature épidémiologique, ainsi que pour les services chargés de gérer l’intervention sanitaire sur le terrain.
SIG appliqués à l'épidémiosurveillance

Un système d’information géographique (SIG) est un outil qui permet la représentation géographique des données. Couplé à la base de données d’un réseau d’épidémiosurveillance, le SIG permet de cartographier les foyers déclarés pour une maladie ainsi que leur évolution dans le temps et dans l’espace. Il permet également de visualiser clairement la population animale à risque, les facteurs de risque ainsi que les moyens d’intervention éventuellement disponibles sur le terrain.

En permettant la construction et l’actualisation facile et rapide de cartes représentant une situation sanitaire mise en évidence par un réseau d’épidémiosurveillance, le SIG met à disposition des responsables publics de la santé animale des éléments déterminants pour prendre des décisions pertinentes et efficaces.

Objectifs

A l'issue de leur formation, les participants devront être en mesure de :

  • maîtriser toutes les fonctions de base du logiciel ArcGis 9.x pour la création de cartes ;
  • mettre en relation une base de données avec ces logiciels SIG et représenter la distribution d'une maladie animale et de son évolution dans le temps et dans l'espace ;
  • réaliser des analyses thématiques et des requêtes simples pour représenter des données et analyser des données et produire des documents cartographiques d'aide à la décision.

Public

Les participants pour la Semaine 1 doivent :

  • Être titulaires d’un diplôme de docteur vétérinaire ou d’ingénieur agronome ou des travaux agricoles, d’un master compatible avec le sujet du cours ou équivalent.
  • Ce cours peut être suivi par des candidats n’appartenant pas à ces catégories, mais justifiant d’une expérience professionnelle suffisante.

Les participants pour la Semaine 2 doivent :

  • Maîtriser les fonctionnalités de base de QGis

Les candidatures comprenant un CV détaillé, une lettre de motivation et des indications sur l’organisme de gestion de la bourse, doivent être adressées si possible

avant le 2 novembre 2021, par mail : formation-emvt-fvi@cirad.fr

Le Cirad n'est pas en mesure d'accorder des bourses. Il convient donc d'introduire, le plus tôt possible, une demande auprès :

  • des autorités compétentes nationales en charge de l'élevage et/ou de l'octroi des bourses
  • des services culturels et de coopération scientifique et technique des ambassades de France
  • des ambassades d'autres pays
  • d'organismes internationaux (Fao, Pnud, Union européenne, Aiea, Bid...)
  • de projets de développement ou d'organisations non gouvernementales.

Langue

Français

Programme

Semaine 1 : Prise en main
  • Concepts et prise en main de QGis 2.18.x (Concept des SIG, introduction à QGIS et présentation des fonctions)
  • Cartographie (Conception, habillage, notions de géoréférencement et de projection, utilisation de récepteurs GPS, acquisition et manipulation de données géographiques, analyses thématiques)
Semaine 2 : Approfondissement
  • Utilisation de base de données spatiales et de ressources web.
  • Application à des données épidémiologiques (Exercices pratiques, conception d’analyse, interprétation)
  • Analyses spatiales (Opérateurs raster et vecteur, création de chaîne de traitement)

 

Ce module constitue un des blocs de compétences :

  • Pour la semaine 1 : bloc du Master GIMAT "Gestion intégrées des maladies animales tropicales" (UE 4) et du Master SEMHA "Surveillance épidémiologique des maladies humaines et animales" (UE6)
  • Pour la semaine 2 : bloc du Master SEMHA "Surveillance épidémiologique des maladies humaines et animales"(option UE7)

Prérequis

Les candidats doivent maîtriser l’outil informatique (connaissances de l’environnement Windows) ainsi que les concepts de base bureautiques : Gestion de fichiers, Word, Excel.

Les candidats doivent maîtriser correctement la langue française.

La fourniture des logiciels n'est pas comprise dans la formation. S'ils ne sont pas disponibles dans l'institution où travaille le participant, il peut être utile d'en prévoir l'acquisition lors du stage afin qu'il puisse les utiliser dès son retour de formation et limiter ainsi l'érosion de ses compétences. Dans ce cas, préciser dans la demande de devis que ce montant doit être prévu.

Matériel pédagogique

Modalités d'évaluation
  • Évaluation : Analyse de données épidémiologiques d’une étude de cas et production d’une carte synthétique- questionnaire à choix multiple
  • Questionnaire de satisfaction en fin de formation
Modalités pédagogiques

Exercices pratiques, conception d’analyse, interprétation