Traitement d'image en imagerie cellulaire végétale : de l'acquisition à la publication

Anatomie végétale Biologie cellulaire Informatique, SIG, modélisation, statistiques

Le développement des nouvelles technologies d'imagerie a favorisé l'acquisition d'images par de nombreux chercheurs dans des domaines diversifiés. Le traitement et la quantification de ces images sert à valoriser l' interprétation. Nous aidons à prendre en main un outil, mettre en œuvre les techniques dans le cadre d'une démarche réfléchie.

Objectifs

Acquérir les bases théoriques sur l’image numérique en microscopie optique
S’initier au traitement et à l’analyse de l’image
S’informer sur le potentiel du traitement et la quantification de l’image et leurs applications en biologie.

Public

Chercheurs, techniciens, ingénieurs

Langue

Français

Programme

Acquisition de l’image :

Appareil-photo numériques, caméras, notion de capteur CCD, l’image monochrome, l’image couleur
Logiciels d’acquisition de l’image (réglages et utilisations), notion de pixels, de voxels et leur manipulation
Résolution et formats d’images, sauvegarde et gestion des fichiers (images 2D, 3D et 4D)

Traitement de l’image :

Notions de traitement de l’image, réglage des niveaux retouches, filtres, bruit de fond, convolutions, déconvolutions
Représentations 3D, représenter une surface

Analyse et quantification :

Notion de ROI, notion de seuillage
Comptages, mesure de distances et de surface et retour à Excell
Principaux logiciels d’analyse d’image (Image J, Volocity…)

Bilan et évaluation

Consulter le site PHIV (Plate-forme d'histocytologie et d'imagerie cellulaire végétale).

Intervenants

Cirad : Frédéric GATINEAU, Marc LARTAUD et Christine SANIER

Inrae : Geneviève Conéjéro

Prérequis

Aucun

Matériel pédagogique

Modalités d’évaluation

Évaluation des acquis: exercices, manipulation, quiz, etc

Questionnaire de satisfaction en fin de formation

Modalités pédagogiques

Approche théorique et pratique

Manipulations

Mise en œuvre des techniques