Anatomie végétale
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Traitement d'image en imagerie cellulaire végétale : de l'acquisition à la publication

© PHIV-Cirad
Objectifs
- Acquérir les bases théoriques sur l’image numérique en microscopie optique
- S’initier au traitement et à l’analyse de l’image
- S’informer sur le potentiel du traitement et la quantification de l’image et leurs applications en biologie.
Public
Chercheurs, techniciens, ingénieurs
Langue
Français
Programme
Acquisition de l’image :
- Appareil-photo numériques, caméras, notion de capteur CCD, l’image monochrome, l’image couleur
- Logiciels d’acquisition de l’image (réglages et utilisations), notion de pixels, de voxels et leur manipulation
- Résolution et formats d’images, sauvegarde et gestion des fichiers (images 2D, 3D et 4D)
Traitement de l’image :
- Notions de traitement de l’image, réglage des niveaux retouches, filtres, bruit de fond, convolutions, déconvolutions
- Représentations 3D, représenter une surface
Analyse et quantification :
- Notion de ROI, notion de seuillage
- Comptages, mesure de distances et de surface et retour à Excell
- Principaux logiciels d’analyse d’image (Image J, Volocity…)
Bilan et évaluation
Consulter le site PHIV (Plate-forme d'histocytologie et d'imagerie cellulaire végétale).
Intervenants
Cirad : Frédéric GATINEAU, Marc LARTAUD et Christine SANIER
Inrae : Geneviève Conéjéro
Prérequis
Aucun
Matériel pédagogique
Modalités d’évaluation
- Évaluation des acquis: exercices, manipulation, quiz, etc
- Questionnaire de satisfaction en fin de formation
Modalités pédagogiques
Approche théorique et pratique
Manipulations
Mise en œuvre des techniques