Traitement d'image en imagerie cellulaire végétale : de l'acquisition à la publication

Anatomie végétale Biologie cellulaire Informatique, SIG, modélisation, statistiques
Le développement des nouvelles technologies d'imagerie a favorisé l'acquisition d'images par de nombreux chercheurs dans des domaines diversifiés. Le traitement et la quantification de ces images sert à valoriser l' interprétation. Nous aidons à prendre en main un outil, mettre en œuvre les techniques dans le cadre d'une démarche réfléchie.
© PHIV-Cirad
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Objectifs

  • Acquérir les bases théoriques sur l’image numérique en microscopie optique
  • S’initier au traitement et à l’analyse de l’image
  • S’informer sur le potentiel du traitement et la quantification de l’image et leurs applications en biologie.

Public

Chercheurs, techniciens, ingénieurs

Langue

Français

Programme

Acquisition de l’image :
  • Appareil-photo numériques, caméras, notion de capteur CCD, l’image monochrome, l’image couleur
  • Logiciels d’acquisition de l’image (réglages et utilisations), notion de pixels, de voxels et leur manipulation
  • Résolution et formats d’images, sauvegarde et gestion des fichiers (images 2D, 3D et 4D)
Traitement de l’image :
  • Notions de traitement de l’image, réglage des niveaux retouches, filtres, bruit de fond, convolutions, déconvolutions
  • Représentations 3D, représenter une surface
Analyse et quantification:
  • Notion de ROI, notion de seuillage
  • Comptages, mesure de distances et de surface et retour à Excell
  • Principaux logiciels d’analyse d’image (Image J, Volocity…)

Bilan et évaluation

Consulter le site PHIV (Plate-forme d'histocytologie et d'imagerie cellulaire végétale).

Intervenants

Cirad : Frédéric GATINEAU, Marc LARTAUD et Christine SANIER

Inrae : Geneviève Conéjéro

Prérequis

Aucun

Matériel pédagogique

Modalités d’évaluation

  • Évaluation des acquis: exercices, manipulation, quiz, etc
  • Questionnaire de satisfaction en fin de formation

Modalités pédagogiques

Approche théorique et pratique

Manipulations

Mise en œuvre des techniques