Hybridation in situ sur tissus végétaux

Anatomie végétale
L’hybridation in situ est une technique puissante utilisée pour visualiser les ARN messagers dans les tissus et les cellules, permettant ainsi une analyse spatiale et temporelle de l’expression des gènes dans les tissus animaux et végétaux. C’est une étape clé de l’analyse fonctionnelle des gènes.
Hybridation in situ sur tissus végétaux © PHIV, Cirad

L’hybridation in situ consiste à créer des liaisons hydrogènes entre les bases azotées de la séquence d’un acide nucléique portant un marqueur (une sonde) et la séquence complémentaire présente dans les tissus, générant ainsi un signal détectable au microscope. Il s’agit d’une technique longue et délicate. L’équipe PHIV possède une longue expérience en hybridation in situ acquise sur une grande diversité d’organes et d’espèces (sur les plantes modèles Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula, Oriza sativa mais aussi sur des espèces tropicales comme le cacaoyer, le palmier, l'hévéa…) et sur différents types de gènes (gènes faiblement exprimés, facteurs de transcription, transporteurs d’ions…).

Objectifs

La formation proposée a pour objectifs de :

  • Visualiser in situ l’expression d’un gène
  • Choisir, synthétiser et marquer une sonde spécifique d’un transcript, choisir une méthode de révélation après hybridation
  • Interpréter et valider une observation

Public

Chercheurs, techniciens, ingénieurs

Langue

Français

Programme

  • Fixation et traitement des échantillons en conditions Rnase free
  • Inclusions en résine, en paraffine, « whole mount »
  • Choix et synthèse des sondes RNA
  • Les différents types de marquage des sondes (Dig, Biot), les types de révélation (immuno-enzymologie, fluorescence), leurs avantages et leurs inconvénients respectifs
  • Les paramètres d’une hybridation in situ et les différentes étapes du protocole d’hybridation
  • Méthode manuelle ou automatiques (robot Intavis)

Le stage donnera lieu à des travaux de travaux pratiques pour chacun des thèmes abordés.

Intervenants

Experts de l'unité de recherche AGAP : Jean-Luc Verdeil, Christine Sanier

Prérequis

Notions de base en biologie moléculaire

Matériel pédagogique

Modalités pédagogiques
  • Cours théoriques et pratiques
  • Expériences et observations
Modalités d’évaluation
  •  Évaluation des acquis : exercices, études de cas, quiz de connaissances…
  • Questionnaire de satisfaction en fin de formation

Voir aussi