Appliquer la technologie CRISPR-Cas9 en plantes : de la théorie à la pratique

Biologie cellulaire Génétique : animale et végétale
Depuis les années 80, de nombreux outils de mutagénèse ciblée, assimilés à des ciseaux moléculaires ont émergé gagnant toujours en spécificité et en simplicité. Depuis 2012, le domaine de l’édition des génomes a été révolutionné suite à l’avènement du système CRISPR/Cas9. Le faible cout de sa mise en œuvre et sa précision, mêlés à la simplicité de son utilisation en ont fait un outil indispensable pour de nombreux laboratoires.

Objectifs

A l’issue de cette formation, les participants seront capables de

Dans le domaine de l'édition du génome :

  • Évaluer les problématiques liées à la mise en œuvre de la technologie CRISPR/Cas9 en fonction d'un contexte scientifique donné
  • Concevoir in silico le design d’une expérience de mutagénèse sur la plante de leur choix, et l’outil moléculaire associé
  • Adapter un outil plus complexe dérivé de la technologie à son propre contexte scientifique

Plus largement dans le domaine du génie génétique et de la biologie moléculaire :

  • Génotyper des mutations obtenues sur plantes diploïdes
  • Manipuler in silico des séquences nucléotidiques

Public

Scientifiques en biologie végétale souhaitant mettre en œuvre une expérience d'édition du génome dans leur laboratoire ou acquérir une connaissance complète, théorique et pratique.

Langue

Français

Programme

Jour 1
  • cours : La technologie CRISPR-Cas9 - Introduction et mise en œuvre
  • Travaux dirigés : Prise en main des logiciels utilisés pendant la formation
Jour 2
  • Cours : Protocole des clonages CRISPR - Théorie du design
  • Travaux dirigés : Design : exercices sur des cas pratiques, puis dans le contexte du participant
  • Quizz 1
Jour 3
  • Cours : La révolution CRISPR/Cas9. Utilisation en amélioration variétale
  • Travaux dirigés : Construction de vecteurs
  • Cours : Législation, polémiques
  • Cours et Travaux dirigés : Codon Optimisation
Jour 4
  • Cours : Préparation et transformation de protoplastes de riz
  • Cours : Techniques de détection de mutations
  • Travaux dirigés : Caractérisation de mutations
  • Quiz 2
Jour 5
  • Cours et TD : L'édition à la base près
  • Cours : CRISPR et Recherche médicale. Controverses et polémiques
  • Quiz 3

Intervenants

Anne Cécile MEUNIER (unité de recherche Agap, Cirad)

Prérequis

  • Posséder des notions de bases en biologie moléculaire : (Bac+2 ou expérience professionnelle adaptée)
  • Maitriser la langue française et avoir une bonne connaissance de l’environnement Windows.

Les candidats doivent apporter un ordinateur portable fonctionnel permettant une connexion wifi.

Matériel pédagogique

Modalités d'évaluation
  • théorie : quiz de connaissances
Modalités pédagogiques
  • Pratique : travaux dirigés (cas pratiques) / échanges participatifs
  • Corrections en direct

Si, à l’issue de cette formation, les candidats souhaitent utiliser le plateau AFEG pour cloner des outils de mutagénèse, il sera demandé aux participants que leur responsable de laboratoire ait préalablement signé un UBMTA (Uniform Biological Materials Transfer Agreement). Ce document leur donnera l’autorisation d’utiliser à des fins de recherche, dans leur propre laboratoire les vecteurs CRISPR que nous pouvons leur fournir. Un devis sera proposé à chacun en fonction des étapes à réaliser au laboratoire.