L'unité produit des connaissances et des outils pour évaluer, piloter et concevoir des systèmes de culture. Elle s'intéresse en particulier à la gestion intégrée des intrants et à l'utilisation de la diversité biologique des espèces cultivées pour assurer des performances agronomiques régulières, en rendement et en qualité, tout en limitant les risques pour l'environnement (pollution de l'eau, érosion, biodiversité).
Les études portent principalement sur les systèmes de culture à base de plantes pérennes herbacées (bananier) et ligneuses (vigne, arbres à bois, palmiers, hévéa). Elles sont centrées sur la comparaison des cultures pures et des associations culturales : cultures relais, cultures intercalaires, agroforesterie. Des recherches sont également menées sur les systèmes de culture à base de plantes annuelles, en privilégiant les techniques agroécologiques dans la conception d'itinéraires techniques à faibles intrants chimiques.