En Afrique subsaharienne, les trypanosomoses demeurent un problème préoccupant. Les trypanosomoses humaines sont en pleine réémergence : 60 millions de personnes y sont exposées. Les trypanosomoses animales, première maladie à transmission vectorielle du bétail, constituent toujours un obstacle au développement de l'élevage dans cette région. Les trypanosomes d'insectes ou de plantes ont une incidence majeure sur les cultures. Des questions primordiales subsistent en matière d'épidémiologie et de stratégie de lutte.
L'unité mène des recherches qui vont d'une meilleure compréhension du système pathogène jusqu'à l'évaluation des risques, afin de proposer des méthodes de prévention et de lutte adaptées aux contraintes des pays en développement. La complexité du système pathogène et l'instabilité croissante de son environnement influencent l'évolution de ces maladies parasitaires majeures. La lutte repose donc à la fois sur la connaissance du triptyque parasites-vecteurs-hôtes, et sur celle des facteurs climatiques, environnementaux et socio-économiques.