La biodiversité, les changements écologiques à l’échelle planétaire, le développement durable, des écosystèmes méditerranéens et tropicaux en particulier, sont au cœur des recherches du Cefe. L’objectif est d’établir de scénarios d’évolution des systèmes écologiques et des stratégies pour leur conservation, leur restauration ou leur réhabilitation.
Le Cefe est organisé en trois départements scientifiques et dispose de plates-formes techniques. Ses recherches s’inscrivent dans quatre grandes thématiques : l’action de l'homme, les systèmes anthropisés et l’écologie de la conservation ; la valeur adaptative des traits d'histoire de vie en présence de contraintes ; le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes ; les changements globaux et le fonctionnement des écosystèmes.