La connaissance approfondie des interactions entre les plantes et leurs agents pathogènes est à la base de la lutte raisonnée contre l'invasion et l'acclimatation d'agents pathogènes introduits. La modélisation à l'échelle régionale doit permettre de proposer des stratégies de lutte fondées sur les pratiques culturales et l'aménagement du territoire.
L'unité mène des études sur ces interactions à différentes échelles, de la molécule à la plante entière pour ce qui est des mécanismes, à l'échelle de la population pour l'étude de la biologie et de la génétique des populations d'agents pathogènes, et à l'échelon régional pour l'analyse des épidémies. Les travaux sont conduits sur un nombre important d'agents pathogènes et de plantes : virus, bactéries, champignons pour le riz, le bananier, la canne à sucre, le cacaoyer, l’igname. L'objectif est de comprendre la biologie évolutive de ces organismes afin de mieux gérer la résistance variétale. L'unité met en application directement ses résultats de recherche dans la conduite de quarantaines et dans la mise au point d'outils de diagnostic.