Nouvelle méthode de détection de Ralstonia solanacearum

Ralstonia solanacearum est une bactérie pathogène transmise par le sol qui est fortement destructrice des cultures de pommes de terre, tomates, tabac, aubergines, poivrons et autres cultures ornementales (géraniums) ou alimentaires (bananes). Les souches de cette bactérie Gram – classifiées en 5 races infectent plus de 200 espèces de plantes couvrant plus de 50 familles botaniques. Ce pathogène peut survivre pendant de longues périodes dans le sol, dans les débris de récolte et il est disséminé notamment via les graines des plantes contaminées et l'eau d'irrigation.

Plus spécifiquement, R. solanacearum race 3 biovar 2 est l'agent causal de la pourriture brune de la pomme de terre. Elle peut être présente de façon latente dans les tubercules de pommes de terre ainsi que dans d’autres matériels de propagation végétative comme les boutures de géranium. Aussi, cette bactérie a été classifiée comme organisme de quarantaine dans l'Union européenne et les souches race 3 biovar 2 sont un des neuf agents pathogènes désignés dans la loi américaine sur le bioterrorisme agricole de 2002. Ce pathogène est considéré comme un organisme nuisible à déclaration obligatoire.

Introduit accidentellement dans l'Union européenne ainsi qu'aux Etats-Unis, R. solanacearum race 3 biovar 2 est la cible de mesures drastiques pour son éradication ou sa mise en quarantaine. Un test PCR pour la détection des souches race 3 biovar 2 dans des tubercules asymptomatiques de pommes de terre a déjà été décrit. Cependant, la séquence d'acide nucléique détectée par les amorces et sondes de ce test est celle d'un élément génétique mobile (séquence codant la partie d'une protéine homologue à l'ORF35 du phage B3 Mu-like présent dans Pseudomonas aeruginosa).

Les chercheurs des unités mixtes de recherche Inra-Cnrs « Interactions plantes-microorganismes » et Cirad-Université de la Réunion « Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical » ont identifié de nouvelles parties génomiques de Ralstonia solanacearum qui sont spécifiques des souches race 3 biovar 2 et qui n'appartiennent pas aux éléments génétiques mobiles. Au total, ce sont 49 séquences génomiques qui peuvent être utilisées comme sondes moléculaires pour la détection spécifique (détermination de la présence ou de l'absence) de cet agent pathogène particulier dans des échantillons de plantes (pomme de terre, tomate, géranium) ou de l’environnement (eaux d'irrigation).

Cette méthode peut être utilisée dans des programmes de certification de produits importés de Pelargonium spp. et de Solanacées spp., et cela afin d’empêcher l'introduction de la pourriture brune de la pomme de terre, responsable de pertes économiques considérables.

Disponible

Cette nouvelle méthode de détection, y compris les amorces appropriées pour amplifier des acides nucléiques spécifiques de Ralstonia solanacearum race 3 biovar 2 et des sondes appropriées pour l’hybridation de ladite partie amplifiée, est protégée par une demande internationale de brevet (WO2009/043937).

Les laboratoires recherchent des partenaires pour utiliser les marqueurs génétiques spécifiques de Ralstonia solanacearum race 3 biovar 2 et développer des tests de diagnostic moléculaire (PCR, NASBA, puce ADN) de cette bactérie phytopathogène dans des échantillons de plantes (pomme de terre, tomate, géranium) ou de l'environnement (eaux d'irrigation).