Le décryptage du génome du caféier a débuté

11/01/2010 - Article

Améliorer la production et la qualité du café, tels sont les objectifs des équipes Cirad et IRD qui, associées au Génoscope, ont débuté le décryptage du génome du caféier. Les nouvelles techniques de séquençage à très haut débit permettront de déchiffrer ce génome en deux ans.

Le séquençage du génome du caféier vient de démarrer dans le cadre d’une collaboration entre le Cirad, l’IRD et le Génoscope. L’objectif est de décrypter les 700 millions de paires de bases (Mb) de ce génome, comme cela a été fait pour le riz (425 Mb), la vigne (480 Mb) ou, plus récemment, le sorgho (730 Mb). Les résultats sont attendus dans un délai de deux ans compte tenu de l’évolution des techniques de séquençage à très haut débit et des nombreuses données génétiques déjà disponibles pour le caféier (banques de séquences partielles, cartes génétiques, marqueurs moléculaires, etc.).

La caféiculture : enjeu de développement pour 125 millions de personnes

La caféiculture représente une source de revenus vitale pour plus de 125 millions de personnes dans de nombreux pays d’Amérique latine, d’Asie et d’Afrique. En effet, 70 % des plantations de café sont dans les mains de petits producteurs.
Pour le Cirad et l’IRD, l’amélioration variétale des caféiers est un enjeu majeur. L’objectif est d’apporter aux producteurs, des variétés de caféiers mieux adaptées aux contraintes environnementales et aux conditions de cultures (ombre, altitude, sécheresse, etc.) et plus performantes en termes de production, de résistance aux maladies et de qualité du café.

Robusta primo, Arabica suivra

L’espèce dont le génome sera séquencé est Coffea canephora, plus connue sous le nom de café Robusta. Elle a été choisie en raison de son génome diploïde, c'est-à-dire ne contenant que deux jeux de chromosomes, donc moins complexe que celui de C. arabica qui en contient quatre. En outre, le génome de C. canephora proviendra d’un plant homozygote, c’est-à-dire comprenant deux jeux identiques de chromosomes, ce qui simplifiera grandement l’étude. Les résultats générés faciliteront le séquençage ultérieur de C. arabica, C. canephora étant l’un de ses deux ancêtres.

Professionnels et consommateurs seront les bénéficiaires

La séquence de C. canephora constituera un outil précieux pour identifier et localiser les gènes permettant d’obtenir des caractères d’intérêt agronomique comme la résistance à la sécheresse ou aux maladies. Des marqueurs génétiques seront développés pour sélectionner les variétés de caféiers présentant ces caractères. Grâce à ces variétés, les petits producteurs de café augmenteront leur rendement tout en utilisant moins de pesticides. Cette démarche mènera au final à une caféiculture de qualité, durable et plus économique. Enfin, la caractérisation des gènes impliqués dans les caractères aromatiques intéressera les consommateurs : arômes plus subtils et saveurs nouvelles agrémenteront les deux milliards de tasses de café dégustées par jour.

Le projet a reçu le soutien financier de l’Agence nationale de la recherche (projet Génome Café et COFFEASEQ). Il s’inscrit dans l’initiative internationale de séquençage du génome du caféier, coordonnée par le Réseau international du génome du café (ICGN). C’est au travers de ce réseau que les résultats seront mis à disposition de la communauté scientifique.