Le Cirad s’attelle au séquençage complet du génome du bananier

11/09/2009 - Article

Déchiffrer les 600 mégabases du génome du bananier, c’est le travail que vont mener les chercheurs du Cirad et du Génoscope d’Evry durant deux ans. Le séquençage complet de l’herbe géante permettra une amélioration variétale plus efficace avec, notamment en ligne de mire, une meilleure résistance aux maladies.

Les producteurs et les chercheurs n’espéraient plus. Puis la nouvelle est tombée il y a quelques mois: le projet du séquençage complet du génome du bananier débute en 2009. Financé par l’Agence nationale de la recherche en France, il sera mené par le Cirad et le Génoscope d’Evry.

Une aide considérable pour l’amélioration des variétés

Garant de la sécurité à la fois alimentaire et économique de nombreuses populations, le bananier est soumis à une menace parasitaire constante. Les maladies de Panama (fusarioses), des Raies Noires ou de Sigatoka (cercosporioses), ou la maladie due au ‘Banana Bunchy Top Virus’, pour les principales, représentent des contraintes majeures pour la production. Par ailleurs, l’obtention par croisements conventionnels de nouvelles variétés d’intérêts, se heurte à la faible fertilité des bananiers cultivés. Le choix des géniteurs et leur amélioration sont donc des étapes clés qui nécessitent une bonne connaissance des ressources génétiques et une bonne compréhension de la transmission des caractères d’intérêt agronomique. Le séquençage du génome va ainsi fournir une aide considérable pour repérer les caractères génétiques intéressants pour l’amélioration des variétés de bananier. Il va également contribuer à mieux comprendre l’évolution de ce génome au cours du temps et plus largement l’évolution des génomes des monocotylédones.

Pour mener à bien ce projet, les chercheurs s’appuient sur différents outils et ressources, notamment ceux développés par le Cirad avec le soutien du Generation Challenge Programme (GCP) et du Global Musa Genomics Consortium (GMGC) : banques de grands fragments d’ADN (banques BAC), marqueurs moléculaires et cartes génétiques.

La séquence complète entièrement accessible d’ici deux ans

Le séquençage sera réalisé à partir d’un génotype créé par le Cirad. Celui-ci est un haploïde doublé : chacun des onze chromosomes est présent en deux copies identiques, ce qui simplifiera l’assemblage de la séquence. Le séquençage en masse sera effectué au Génoscope d’Evry, en région parisienne, ainsi que la première prédiction du positionnement des gènes. A cette fin, le Cirad procurera l’ADN extrait de ce génotype, les banques BAC et l’ARN, la partie codante du génome. La structure de trois cents gènes sera en outre caractérisée manuellement, le plus précisément possible. Ces données serviront à entrainer les logiciels de prédiction du positionnement des gènes. Enfin, les chercheurs du Cirad construiront une carte génétique dense – deux marqueurs par mégabase soit 1200 marqueurs – du clone séquencé. Cette carte sera réalisée avec des marqueurs ancrables (SSR, DArT) sur la séquence et servira à faciliter le travail d’assemblage de la séquence de l’ensemble du génome.

D’ici deux ans, la séquence complète sera entièrement et librement accessible sur Internet. Elle sera notamment disponible sur la plateforme de bioinformatique southgreen.cirad.fr proposée par le Cirad.