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Le projet européen PORTFASTFLU développe un système de criblage rapide qui va révolutionner le contrôle des épidémies de grippe (Communiqué de presse Cirad, 06-05-2009)

Partenaires

• Genewave, France (coordinateur du projet)
• Université de Nottingham, Grande-Bretagne
• Biosensia, Irlande
• Cirad , France
• Université de Gand, Belgique
• Ikerlan, Espagne
• Gaiker, Espagne
• Fondation basque pour la recherche et l’innovation dans la santé , Espagne
• Whatman, Grande-Bretagne

Quel est l’ apport du nouveau système de diagnostic dév eloppé dans le cadre du projet PortFastFlu par rapport au protocole actuel ?

Saliha Hammoumi : Il s’agit d’un nouvel appareil pourvu d’un nouveau test de diagnostic généralisé à tout type et sous-type d’influenza. Tout y est intégré alors qu’en général, le diagnostic se fait en plusieurs étapes : il faut extraire l’information génétique de l’échantillon prélevé, le placer dans un mélange réactionnel pour l’amplifier et le détecter. Ceci prend en général une demi-journée. Par la suite, le séquençage, permet d’identifier précisément le virus en quelques jours. Avec le nouvel appareil, conçu par dix partenaires européens, l’identification de tous les virus de la grippe pourra être faite en moins de deux heures.

Qu’est-ce qui permet une telle rapidité ?

S. H. : La discrimination des souches se fera à l’aide de sondes qui sont des séquences d’ADN spécifiques. Il y aura plusieurs sondes par sous-types de virus, permettant ainsi de détecter un large panel de souches. Ces sondes seront intégrées dans une biopuce qui permettra l’identification du virus contenu dans l’échantillon en une seule étape. A l’heure actuelle, huit sous-types sont détectés par nos tests dont les sous-types pathogènes pour l’homme : H1N1, H3N2, H5N1, H7N7 et H9N2. Dans les mois à venir, la mesure sera beaucoup plus précise : elle permettra également de différencier les souches au sein d’un même sous-type. Les virus de sous-type H1N1, par exemple, peuvent en effet relever de différentes souches que l’appareil sera alors en mesure d’identifier. C’est le cas notamment de la nouvelle souche H1N1 qui sévit actuellement au Mexique et dans le monde, et que notre test a détecté chez un patient espagnol.

Quelle est l’implication du Cirad dans le développement de cette nouvelle technologie ?

S. H. : Le Cirad joue un rôle clé dans le consortium PortFastflu avec, en amont, une recherche pour la mise au point du système de détection des virus influenza et, en aval, la validation de la technologie tout-en-un sur des échantillons biologiques d’origine animale. Ce défi scientifique et son impact en santé publique et vétérinaire m’ont particulièrement plu dans ce projet de trois ans, que je conduis pour le Cirad. On sait que le virus influenza mute rapidement, ce qui implique, dans les techniques classiques, de rechercher constamment les séquences nouvellement apparues par mutations. Jusqu’à présent, les techniques publiées étaient basées sur l’analyse de quelques centaines de séquences. Afin d’identifier les meilleurs marqueurs moléculaires pour couvrir l’ensemble des virus connus et ceux à venir, j’ai analysé toutes les séquences disponibles dans le domaine public, soit près de 26 000 séquences. Les marqueurs que j’ai ainsi développés ont été validés au laboratoire. Ils seront intégrés dans les jours qui viennent dans une biopuce.

Comment et à partir de quand l’appareil sera-t-il utilisé ?

S. H. : Les médecins, les vétérinaires ou toute personne pouvant effectuer un prélèvement pourra utiliser le nouveau système. Cette utilisation sera très intéressante dans les aéroports, les ports ou encore les hôpitaux. En effet, la connaissance, au plus tôt, du type et du sous-type du virus permettra de mieux contrôler les épidémies de grippe en mettant en place très rapidement des mesures de prévention. Le système sera testé en hôpital fin 2009 et validé sur des échantillons aviaires au Cirad. Il devrait être opérationnel au plus tard fin 2010.

Propos recueillis par Marie Adell et Elsa Bru